Історія Валлетти почалася з форту Св. Ельма, зі стін якого в 1565 р. лицарі Ордену Св. Іоанна побачили далеко в морі величезну турецьку армаду, що наближалася до острова, яка складалася з 200 кораблів. Це був початок Великої Облоги Мальти - найзнаменнішої події в історії Мальти.
Мальта, що займала вигідне стратегічне положення, була атакована 40-тисячною армією султана Сулеймана Пишного. Основним об'єктом атаки турків став форт Св. Ельма, який захищали 52 лицарі, 500 солдатів і жменька ополченців. Незважаючи на значну перевагу сил на користь армії султана, облогу форту, який турки розраховували взяти за п'ять днів, вони змушені були вести вшестеро довше, втративши понад 8 тис. осіб убитими. Тих небагатьох лицарів, що вижили, турки прибили цвяхами до хрестів і пустили по хвилях гавані. У відповідь на це лицарі зарядили свої гармати відрубаними головами полонених турків.
Керував оборонними битвами великий магістр Ордена Св. Іоанна Ла Валетт. Це була дивовижна людина з цікавою долею. Ще за життя про нього складали легенди, він мав привабливу зовнішність і вільно розмовляв кількома мовами, його звитяга і відданість Ордену викликала захоплення, а відвага і справедливість створювала незаперечний авторитет. У 1540 році він потрапив у полон до турків і протягом року був галерним рабом. Деякий час був губернатором Тріполі. Ля Валетт був обраний великим магістром у шістдесят три роки. Під час Великої облоги йому було за сімдесят.
Після поразки у форті Св. Ельма, бої перемістилися в Біргу, де втрати турецької армії теж були величезні. Ла Валлетт наказав перегородити Велику гавань біля берегів Біргу, вбивши колоди в дно. Турки дізналися про це, вплав підібралися до загородження і почали руйнувати його кирками і сокирами. Лицарі, взявши в зуби зброю, попливли до противника. Цей бій став одним із найбільш незвичайних в історії військового мистецтва. Сотні людей душили й різали одне одного просто у воді. Уже вмираючи, дехто хапав супротивника і разом із ним занурювався в безодню. Незабаром після важкої 3-місячної облоги турки відступили, Мальта була врятована.
Перед лицарями, які здобули перемогу, постав острів, що лежав у руїнах, проте, незважаючи на численні труднощі, вони вирішили залишитися. Відтоді лицарів стали називати Мальтійськими, а на місці запеклих боїв вирішено було заснувати добре укріплене місто, частиною стін якого став форт Св. Ельма.
Ла Валлетт особисто заклав перший камінь нового міста 28 березня 1566 року. Валлетта - так було названо місто на честь великого магістра - з усіх боків оточена кріпосними стінами з системою фортів, валів і бастіонів. Лицарі активно брали участь у зведенні міста. Ла Валлетт особисто проводив на будівництві цілими днями. І навіть тут Ла Валлетт зумів проявити природну винахідливість і кмітливість. Незважаючи на всі сили, що витрачаються на зведення міста, коштів іноді не вистачало. Тоді Ла Валлетт випустив спеціальні монети із зображенням рукостискання і написом «Не гроші, але довіра».
Ці монети роздавали робітникам, коли готівкових коштів було недостатньо, а пізніше їх міняли на справжні гроші. Лише через 5 років будівництво було завершено і Валлетта побачила світ. Планування міста прямолінійне, запропоноване італійським архітектором Франческо Лапареллі, який і керував будівництвом. Валлетта стала першим містом Європи, побудованим за заздалегідь підготовленими кресленнями. Планування вулиць було спроектоване таким чином, що морський бриз, проникаючи скрізь, очищав повітря, створюючи ефект кондиціонування. Також було споруджено спеціальні системи для відведення стічних вод і видалення сміття з міста, на кутах вулиць встановлено статуї. Потім справу продовжив його учень Джероламо Кассар, під його керівництвом було збудовано палаци і церкви.
Нині у Валлетті дуже мало сучасних будівель, тут немає веж зі скла і бетону - багатьом будинкам по кілька століть. Будинки ці збудовані з вапняку, що набуває на сонці приємного кольору.
